Die Gewässergüte von Seen wird nach dem Trophiesystem eingestuft. Die Trophiestufe (trophos, griech. = die Ernährung betreffend) beschreibt den Ernährungszustand eines Sees. Sie gibt an, wie viel Pflanzenmasse produziert wird. In einem See wird vor allem Algenbiomasse produziert. Da das Algenwachstum und der Nährstoffgehalt eines Sees eng verknüpft sind, steht jede Trophiestufe für eine bestimmte Nährstoffsituation (im Wesentlichen das Vorhandensein von Phosphor und Stickstoff).

Die Trophiestufe wird durch verschiedene Messgrößen wie Algendichte, Sichttiefe, Sauerstoff- und Nährstoffverteilung erfasst. Auch die Beschaffenheit des Sediments und die Besiedlung des Gewässerbodens durch Wirbellose spielen eine Rolle.

Man unterscheidet drei natürliche Trophiestufen: nährstoffarm (oligotroph), mittlere Nährstoffversorgung (mesotroph) und nährstoffreich (eutroph). Die vierte Stufe mit hoher Nährstoffbelastung (polytroph oder hypertroph) ist unnatürlich und durch den Menschen verursacht.

In einem oligotrophen See sind nährende (Photosynthese) und zehrende Prozesse (Atmung, Abbau organischer Substanz) ausgeglichen. Dagegen ist in einem eutrophen See die Produktion stärker als der Abbau. Es fällt mehr Bestandsabfall an, der beim Abbau stark sauerstoffzehrend ist. Dadurch entstehen auf dem Seegrund anaerobe Bereiche, in denen sich unvollständig abgebaute Stoffe ansammeln und faulen. Es entsteht eine sogenannte Faulschlammschicht, in der höhere Lebensformen ersticken. Die Artenvielfalt des Gewässerbodens verarmt und damit auch die wichtigen Nahrungsquellen für Wasservögel und Fische. Faulschlammablagerungen beschleunigen außerdem den Prozess der Verlandung.

Der Begriff Eutrophierung, den man im Zusammenhang mit Seen häufig hört, bedeutet also, dass die Produktivität eines See durch Nährstoffzunahme steigt. Im Extremfall wird soviel Biomasse erzeugt, dass als Folge des Sauerstoffmangels das Gewässer umkippt, d.h. biologisch verödet. Die Eutrophierung insgesamt und speziell die Algenblüte beeinträchtigen den Zustand des Gewässers und die Nutzung als Badegewässer.